中国科学院院士、中国工程院院士潘家铮评价说，长江口深水航道工程“是一项没有负面效应的伟大工程”。与此相印证，一项调查表明，88%被调查者对工程环保工作表示满意或基本满意。
一望无际的江面上，两条长长的导堤布满青苔；小黄龙岛采石场，周边满眼葱茏，依旧保持着嵊泗列岛特有的自然风光；广袤的九段沙湿地在人工导堤的护卫下，一片苍翠……这不是江南某个保护区的自然景观，而是长江口深水航道治理一、二期工程竣工后，呈现在人们面前的生态现状。
中国科学院院士、中国工程院院士潘家铮评价说，长江口深水航道工程“是一项没有负面效应的伟大工程”。与此相印证，一项调查表明，88%被调查者对工程环保工作表示满意或基本满意。
1674平方公里实施全方位环境监测
“在长江口生态环境日益严峻的情况下，我们有责任，更有义务，在工程建设初期，就充分考虑对生态的影响，不要让工程加重生态的负担。”工程建设单位的一位负责人对记者说。
从1998年工程开工起，交通部长江口航道管理局（原长江口航道建设有限公司）分别投入929.9万元和1061万元，用于一、二期环境保护，并由中国水产科学研究院、东海水产研究院、东海海洋工程勘察设计院和上海市环保事业发展中心开展了环境影响评估和航道疏浚工程抛泥区选划。在工程实施过程中，上海市环境监测中心对实施和运营期的水质、生态环境、渔业资源等6个专题进行监测。监测范围周长2587公里，总面积为1674平方公里。
在环境影响评估框架下，环保部门对水环境、生态环境、施工基地污水、大气污染、噪声以及固体废物的处理，分别采取了严格的防治对策。环保设计单位对排污口、烟囱、仓库甚至垃圾粪便清废处等设施，精心进行设计，使之符合环保要求。施工单位高标准建设了垃圾填埋场，增高了锅炉、烟囱高度，减少废气排放对大气的影响，还建造了污水泵房和污水处理场等。针对疏浚船挖泥、抛泥、防溢油、预制厂施工排水、污水处理等主要污染源，采取严格防污措施，通过改进工艺、采用新技术、加大资金投入等手段，提高环保符合率。长江口一、二期工程建设以来，监测结论良好，基本符合环境评价。
开创长江口生态修复先河
为弥补长江口工程可能给生态带来的局部扰动影响，长江口航道管理局与有关单位一起，承担并资助了水生态系统修复工程，开展了促进“长江口生态修复，渔业资源增殖，生态环境多样性”的环保主题活动。从2001年起，长江口进行了四次放流：2001年，放流中华鲟幼鱼3080尾；2002年年底，放流栖生物牡蛎300万只；2004年3月底，栖生物群落式放流；同年12月，放流中华绒螯蟹蟹苗2.5万只。
长江口航运管理局在开展生态修复工程的同时，将航道工程中已经建成的导堤逐步构成有利于渔业生长繁衍的人工鱼礁。通过对底栖生物增殖放流试验，初步增加了长江口水域饵料生物基础。牡蛎等贝类以滤食长江口水域中生长过剩的藻类为生，有利于减少水体富营养化，净化水体水质。
一项有关长江口生态修复工程的最新调查表明，目前，长江口中华绒螯蟹蟹苗继续呈旺发趋势；底栖生物的投放为长江河口区水产生物提供饵料基地，并为栖息于长江口区的中华鲟等提供充足的活性饵料；同时，也提高了长江口底栖生物的物种数量和多样性，逐步改善了底栖生物的种类和群落结构，增强了河口区生物资源可持续利用的支持力度。
关注湿地保护有利于城市强“肺”固“肾”
长江口工程地处九段沙湿地自然保护区，为了保护好这块上海市规模最大、发育最好的河口型潮汐滩涂湿地，充分发挥调节水分及养分循环“肾”功能以及净化水质和空气的“肺”功能，使珍贵的土地、动植物、生物多样性、生态旅游资源得以完好延续，施工期间，长江口工程技术人员严格按照环保要求，严禁施工人员在九段沙湿地挖沙、狩猎和捕鱼，严禁上滩涂砍伐植被、采集底栖生物。据1997年、2002年、2003年工程前后的卫星图片和海图比对显示：长江口工程促进了九段沙湿地的稳定和快速“生长”。调查表明，一、二期工程施工期间，九段沙湿地自然保护区湿地植被种类、藻类、鸟类等均未受明显影响；相反，航道建设还促进了九段沙湿地的稳定和快速淤长，以及芦苇、互花米草等植物的生长，使九段沙湿地的生长发育进入良性循环状态。导堤的建成还有利于抵御台风、海潮对九段沙湿地保护区的侵蚀。
从2002年起，长江口工程开始结合疏浚抛泥施工，与上海市有关单位合作在北导堤实施了吹泥上滩成陆工程，将弃土吹填到横沙浅滩，逐步促其形成湿地。规划一期促淤区面积达5.4万亩，二期促淤区面积达4.7万亩。上海土地资源宝贵，吹泥上滩成陆扩大了湿地面积，促进了环境保护。
