项目起于福州海峡国际会展中心，其后设林浦站、芦岐站、梁厝站、下洋站、营前站、航城站、郑和站、十洋站、鳌头站、鹤上站、沙京站、莲花站、滨海新城站、壶井站、万寿站、尚迁站、漳港站、机场站。轨道交通6号线与1、4、7、8、9号线在6个车站换乘，换乘节点土建部分同期实施，预留接驳通道和换乘条件。工程建设总工期51个月。
轨道交通6号线行车间隔初期为5分钟，近期3.4分钟，远期2.4分钟，列车最高运行时速100公里。
下阶段福州市将结合咨询评估专家意见进一步完善各车站的规模、换乘站换乘方式及细部设计和施工设计。同时，各地下车站的旅客地面通道出口位置将进一步优化或做好规划预留，最大限度方便乘客，改善地面交通组织，优化车站周边土地开发利用，扩大轨道交通客流辐射范围。
