按照此前交通运输部规定的流程，项目应该先确定社会资本，签订初步协议后，再报送项目核准（审批）材料。
参与文件制定的相关人士向经济观察报表示，文件将会选择2016年下半年的一个时间节点，已经进行的项目如果在这一节点之前完成了项目可行性报告批复、社会资本招标或者收到了交通运输部车购税的资金安排函等其中任意一项工作，则按照原有流程进行，此后的项目则按照新流程进行。
清华大学PPP研究中心首席专家王守清博士对经济观察报表示，新的流程顺序更符合PPP项目的逻辑次序。先确定立项，完成可行性报告的审批能够减少社会资本在参与PPP项目时的不确定性。
这份文件连同2016年12月20日、21日国务院和发改委接连发布的两份针对公路基建审批和PPP项目库管理的文件构成了整个收费公路PPP模式流程的完整脉络，根据这一新的脉络，收费公路项目审批的权限下放到了省级政府层面，同时，PPP项目库的管理流程也得到了进一步的明晰。
在这一脉络背后的是整个收费公路建设模式的转轨，即从原有的“政府还贷”模式为主转变为目前以“PPP模式”为主。“可以认为，PPP模式已经成为今后收费公路发展的重要路径，甚至可能暂时是唯一路径”交通运输部科学院交通发展研究中心博士翁燕珍表示。
这一转轨所带来的投资空间达到数万亿，按照财政部PPP数据库9月季报的统计数据显示，仅财政部PPP项目库中，作为收费公路主体的高速公路和一级公路的项目投资额就超过了2.6万亿元。
核心争议：先立项还是先引资？
整个收费公路PPP模式流程的核心争议点在于是先进行项目批复还是先引进社会资本。
2015年12月25日交通运输部发布了《收费公路政府和社会资本合作操作指南》（试行）（以下简称《指南》），这份文件的出台综合了此前财政部和发改委对于PPP流程的相关要求。
按照《指南》中的规定，项目应该先进行项目识别、社会资本的招标和确定，同时完成可行性报告预审、PPP实施方案评审、物有所值评价（是否采用PPP模式代替政府传统投资运营模式的评估方式）等一系列审核，最终在社会资本确定并成立项目公司后，再向相关部门上报核准审批材料。
在这份文件公布10个月后，发改委发布了《传统基础设施领域实施政府和社会资本合作项目工作导则》（以下简称《导则》），按照《导则》的规定，项目可行性报告的审核或备案应该在PPP实施方案审批之前完成，在项目立项之后，再进行社会资本的遴选、确定等工作。
收费公路属于传统基础设施领域中的交通基建板块，两份流程略有不同的文件带来了收费公路PPP模式操作中的一些问题。
在王守清看来，一个合理的PPP项目的完成逻辑应该是：首先确定项目是否应该立项，即可行性报告的批复，在这一环节中考虑的应该是这一项目对于当地经济和民生能够带来多大的益处以及项目本身对环境因素带来的影响等；
在确定立项之后，再考虑是否用PPP模式进行修建，以及确定PPP的具体实施方案；方案确定后再进行社会资本招标等流程，并在项目运行阶段进行有效的监管。
目前发改委和交通运输部正在制定的文件与王守清所说的流程基本一致。参与文件制定的相关人士向经济观察报表示，按照新的流程，项目立项会在最初的阶段就完成；社会资本得到确认后，再由实施方进行项目法人变更手续，这一环节也只需要在此前项目核准的机构进行，其余的环节不需要再单独进行法人变更。
王守清向经济观察报表示，优先批复可行性报告，能够提供较为明确的项目总投资金额、建成后的运行预测等数据，为后续社会引资的环节提供更多的参考数据。同时项目优先立项还能够为后续社会资本进入提供一个更为安全的投资环境。
这份文件仅仅是流程梳理的一个环节，近期由国务院和发改委出台的多份文件形成了整个PPP收费公路的完整脉络。
12月20日由国务院发布的《政府核准的投资项目目录（2016）》将国家高速公路的核准权下放到了省级政府，而在2014年的版本中，国家高速网的项目应该由国务院投资部门进行核准。同月21日发布的《传统基础设施领域政府和社会资本合作（PPP）项目库管理办法（试行））》则明确了前期项目入库的具体流程。
按照新的脉络，整个收费公路PPP的操作到审核的大部分环节全部下放至省级政府层面，包括前期项目的立项以及后期的PPP方案制定以及实施，省级政府将会在其中扮演主要角色。
王守清向经济观察报表示，鉴于省级政府对于地方具体的情况更为熟悉，审核权力的下放能够促进整个PPP项目的推进速度。另一位交通系统相关人士则表示省级政府在基建方面的热情度更高，下放审批权限能够释放更多的公路基建空间。
途径转轨：从“政府还贷”为主转为以“PPP模式”为主在数份文件密集出台的背后，是整个中国收费公路建设模式从以“政府还贷”为主向转向暂时以“PPP模式”为主的转轨图景。正在制定和已经发布的多份文件对于流程的梳理也旨在疏通这一“主流渠道”。
从1988年沪嘉高速公路通车开始，“贷款修路，收费还贷”模式在28年的时间中支撑了中国超过16万公里收费公路的建设。
2015年，在交通运输部发布了《收费公路管理条例》修正案征集意见稿，在这份文件中首次将“政府还贷”调整为“政府还债”，同时提出统借统还的思路，即在一省范围内“统一举债、统一收费、统一还款”。
但无论是“政府还贷”还是“政府还债”，政策层面对于地方债务日益严格的监管让传统公路修建的模式受到了极大的挑战。
翁燕珍向经济观察报表示，今后收费公路发展有两条路可走：一条是通过地方政府发行债券的方式发展政府还贷收费公路；另一条路是通过政府和社会资本合作模式发展收费公路——《收费公路管理条例》修订稿已将“经营性公路”修改为“特许经营公路”。但由于近年来地方政府债券几乎很少用于政府收费公路中，因此当前来看，第一条路线还是“名存实亡”的。
对于此，翁燕珍认为应该积极探索地方政府通过发行债券的方式发展收费公路的这一条路径。这方面美国有很多的实践经验值得借鉴，比如通过发行市政债券的方式筹集资金发展收费公路、机场、港口等基础设施。
但在“地方发债”的模式探索出来之前，PPP仍然是目前主流的收费公路修建模式。这条暂时唯一的通道正在迎来总投资金额达到数万亿规模的海量公路项目。
根据财政部公布的数据显示，截止到今年9月，财政部PPP项目库项目中，交通运输行业投资额占比最高，达到30%。在交通运输行业中，公路投资额占比超过六成，其中高速公路和一级公路的总投资额分别达到了2.06亿元和5998亿元。
