北京市审计局审计发现，按照《北京市城市轨道交通建设规划（2014－2020）》所列的建设计划、建设规模，以及目前实际投资完成的进度测算，未来8年轨道交通建设在财政投入上平均每年面临200亿元的资金缺口。此外，审计发现部分轨道交通线路拆迁资金未及时退还。
2011年以来，北京地铁10号线二期等9条线路拆迁资金14.26亿元，在相关区财政局、建设主管部门滞留，尚未退回京投公司，增加了轨道交通建设资金利息负担。此外，地铁4号线等3条线路已建成通车，但3条线路有4个股东资本金尚未实缴到位，涉及资金6.86亿元。
据介绍，轨道交通建设审计查出的一些问题已经整改，滞留的拆迁资金已退回京投公司8.96亿元，未实缴到位的股东资本金已缴到位6.58亿元。
