一、将第九条修订为：“省级交通运输主管部门负责组织公路水运工程施工单位安全生产三类人员的考核发证工作。”
二、将第十条中的“考核合格的，由交通部或省级交通主管部门颁发《安全生产考核合格证书》”修订为“考核合格的，由省级交通运输主管部门颁发《安全生产考核合格证书》”。
三、将条文中所有“交通部”统一修订为“交通运输部”，所有“交通主管部门”统一修订为“交通运输主管部门”。
交通运输部网站消息，依据2002年发布的《安全生产法》和2003年发布的《建设工程安全生产管理条例》的规定，建筑施工单位的主要负责人、项目负责人、安全生产管理人员，应当由有关主管部门对其安全生产知识和管理能力进行考核。按照2014年新修改的《安全生产法》，考核工作须由主管的负有安全生产监督管理职责的部门具体实施。为便于施工企业就近考核，加强地方管理效能，交通运输部决定将考核工作由省级交通运输主管部门具体负责实施，部不再承担考核及证书颁发工作，同时对《公路水运工程安全生产监督管理办法》(交通部令2007年第1号)以修正案方式作出相应修改。修订的主要内容如下：
