由于南疆农业用水迅速增长等原因导致南疆水资源过度开发，造成南疆生态环境恶化。另外，水资源优化配置的格局尚未完全建立，水资源综合管理和能力建设仍较薄弱，这一系列问题成为南疆水利发展的瓶颈。
为此，程振山呼吁国家进一步加大对南疆四地州水利建设支持力度，加快塔里木河流域综合规划的审批，尽快启动塔河综合治理二期工程。同时，要加大对山区控制性水利工程的投资力度，加快民生水利工程建设，加强盐碱地治理改造。
在道路交通建设方面，程振山认为国家应在南疆铁路、公路建设方面增加投入，尽快启动中巴铁路 、中吉乌铁路以及喀什-和田铁路东沿和环塔里木铁路网，逐步建立健全道路网，使南疆地区交通条件得以明显改善。
