《通知》要求，各省级交通运输主管部门要进一步加强对保证金收取工作的管理，严格规定保证金返还时限。对于新完工公路建设项目，质量缺陷责任期内要抓紧竣工验收准备工作，确保按期竣工验收并返还质量保证金；对于因客观原因不能按期完成竣工验收准备工作的，质量缺陷责任期满后要立即开展质量鉴定，质量合格的应及时返还质量保证金；对依法收取的其他保证金，各省级交通运输主管部门要研究提出确保按期返还的具体措施。
《通知》提出，各省级交通运输主管部门要尽快建立规范保证金收取的长效机制。立即开展对地方性管理办法的梳理，对涉及保证金收取的条款，凡无法律依据的要坚决予以删除。项目建设管理单位在招标环节中，要将保证金收取标准、形式和返还周期等进行条款固化，不得随意修改，预防违规收取保证金。各级交通运输主管部门要加强对项目招标文件、合同文本的备案审查，对涉及保证金条款要严格审核，从源头治理违规收取保证金。
为引入社会监督机制，《通知》要求各省级交通运输主管部门公布举报电话，接受社会监督，对违规收取保证金的项目进行严肃处理。交通运输部将加强对保证金清理工作的监督检查，公布保证金清理工作投诉电话（传真）010—65292766，接受社会举报投诉。对未完成清理工作任务或举报投诉核查属实的省份，交通运输部将予以通报。
作为清理保证金工作的配套措施，《通知》提出，各地要进一步加强公路建设信用体系建设，提高市场管理与服务水平，逐步以信用管理手段替代传统的经济管理手段。以信息公开、信用评价、奖优罚劣等市场管理措施，完善动态管理机制，规范从业企业和人员市场行为，加大对不良行为的信息公开力度，鼓励对信用良好的企业减免保证金，通过信用体系提高市场管理和服务水平。
