这条高速公路多数处于沙漠和天然草场地带，生态环境脆弱，又地处新疆北部准噶尔盆地的卡拉麦里山有蹄类自然保护区，保护区里生活着普氏野马、蒙古野驴等48种国家重点保护动物。
陕西省交通建设集团公司作为项目施工单位高度重视环保工作。他们专门成立了环境保护、水土保持、文明施工考核、安全生产等领导小组，为生态环境保驾护航，避免因施工对沿线村(牧)民生活和动物迁徙觅食造成不便，防止因施工对沿线生态环境造成破坏。
为保证野生动物产仔及自由迁徙，公司要求沿线施工单位停工让路，并在沿线设置了“严禁乱砍滥伐和禁止随意碾压植被”的警示牌。在施工过程中，为减少对当地野生动物的干扰，他们要求施工车辆在保护区内禁止鸣笛、施工车辆走固定路线减少占地等。
据介绍，项目施工单位结合地形地貌、工程特点及沿线野生动物的生活习性和迁徙规律，在沿线野马、野驴等保护动物可能迁徙的区域设置了20个跨度约8米宽的桥涵，以方便野生动物通行。
今后还将根据情况增设动物迁徙通道，在沿线设置保护网。
