《规划》指出，要进一步促进交通运输绿色发展。一要推动节能低碳发展。鼓励淘汰老旧高能耗车船，提高运输工具和港站等节能环保技术水平。 二要强化生态保护和污染防治。将生态环保理念贯穿交通基础设施规划、建设、运营和养护全过程。 三要推进资源集约节约利用。统筹规划布局线路和枢纽设施，集约利用土地、线位、桥位、岸线等资源，采取有效措施减少耕地和基本农田占用，提高资源利用效率。
在交通节能减排工程方面，根据《规划》，“十三五”期间，国家将支持高速公路服务区充电桩、加气站，以及长江干线、西江干线、京杭运河沿岸加气站等配套设施规划与建设。推进原油、成品油码头油气回收治理，推进靠港船舶使用岸电。在京津冀、长三角、珠三角三大区域，开展船舶污染物排放治理，到2020年硫氧化物、氮氧化物、颗粒物年排放总量在2015年基础上分别下降65%、20%、30%。
